Østfoldmuseene forvalter samlingene og driver besøksarenaene Borgarsyssel Museum, Halden museum, Moss museum, Fredrikstad museum, Kystmuseet Hvaler og Haldenvassdragets kanalmuseum. I tillegg eiger og forvalter vi samlingen fra Folkenborg museum, en museumsarena drevet av Stiftelsen Folkenborg museum.

Østfoldmuseene driver Trollull fellesmagasin på Mysen.